医療レーザー脱毛はなんで光脱毛とかに比べて料金が高いのですか？

取り扱っている機械の種類が違うためです。

医療脱毛とエステ脱毛は、取り扱いが可能な機器の性能に大きな違いがあります。
医療脱毛は、医療機関でしか取り扱うことができない高いパワー（毛が生える組織を破壊できる）を出力できる機器で、医療従事者（医師、看護師）以外は操作することができません。
一方エステサロンの光脱毛の操作は、特に国家資格となる免許は不要で、ある程度のパワーしか出力できないよう設定されているため、脱毛機の価格自体も医療用に比べると安価です。

価格の違いは様々な要因があるので一概には言えませんが、導入している機器の性能が全く異なり、それに伴い機器自体の価格の違いがある事はひとつ挙げられます。

また、医療とエステでは法律で広告上の規律も異なります。
医療脱毛のホームページ等は、必ず総額表記を示すことが規定になっていますが、エステサロンはそれがありません。
そのため、実際にかかる総額料金を提示せず、分割した月額料金のみの訴求で異常に安く見えるように広告をすることが可能です。
「エステ脱毛は医療脱毛に比べて安い」というイメージが強いですが、実際に見積もりを取ってみると総額は医療脱毛よりも高額な場合もあります。

同等の効果（永久脱毛）を出すことができないエステ脱毛と比較をすること自体が難しいですが、同じ回数を照射した際、期待できる効果は医療脱毛の方が高いことや、広告上の表記を踏まえ、一概にエステサロンが安価であるとは言えないのではないでしょうか。